中国农业大学环境科学与工程系源于1983年创建的我国第一个农业环境保护专业，是我国农业环境保护学科的发源地。本系1985年招收第一届农业环境保护专业本科生和硕士研究生。1992年与农业生态教研室联合组建生态与环境科学系。1994年获批国家甲级资质环境影响评价中心。1998年该专业调整为环境工程专业，由农学转为工学办学。2002年正式成立环境工程系，同年获批环境工程博士学位授予权。2004年获批环境科学硕士学位授予权。2005年中国农业大学资源与环境学院开始按环境科学大类招收本科生。2006年发展成为环境科学与工程系。2011年获批环境科学与工程博士学位授予权和环境工程硕士专业学位授予权。2017年获批农田土壤污染防控与修复北京市重点实验室；同年中国农业大学资源与环境学院开始按环境科学与工程进行本科生大类招生。2018年环境工程硕士专业学位点调整为资源与环境硕士专业学位点。2019年获批环境科学与工程博士后流动站。经过40多年发展和建设，环境科学与工程学科建成从本科、硕士、博士到博士后流动站完整的人才培养体系。

环境科学与工程系现有教授14人、副教授19人，具有博士学位的教师32人，具有海外经历的教师29人。已形成一支以中青年教师为主的高水平教学与科研团队，包括国家杰出青年基金获得者1人，万人计划人才1人，科睿安全球高被引科学家2人，教育部跨世纪和新世纪人才4人，享受国务院政府特殊津贴2人，国家大气污染防治攻关联合中心研究室首席专家1人，国家重点研发计划项目首席2人，国家大宗蔬菜产业技术体系岗位科学家1人，国家绒毛用羊产业技术体系粪污处理与利用岗位专家1人，北京市设施蔬菜创新团队蔬菜残体减量岗位专家1人。已与美国、英国、德国、西班牙、荷兰、丹麦、比利时、挪威、日本、韩国、澳大利亚等20多个国家的高校与研究机构建立了密切合作关系。

环境科学与工程学科自20世纪80年代以来，一直秉承“解民生之多艰，育天下之英才“的校训，瞄准环境科学与工程学科的国际前沿和国家需求，培养具有学术创新能力和国际视野的高层次专门人才。在国家与学校的大力支持下，已发展成为以农业领域环境治理为特色的学科，取得了丰硕的成果。发表在Science、Nature、PNAS、Nature Geoscience、Nature Food、Nature Nanotechnology和Nature Communication等顶级期刊上的高水平论文13篇；获国家级与省部级科技奖10余项；专利成果转化2000多万元；近五年人均到校科研经费130多万元。

经过四十多年的发展，环境科学与工程学科形成了以下4个学科方向：1）废弃物处理与资源化；2）土壤环境治理与修复；3）水污染控制与治理；4）全球变化与环境管理等。学科未来将通过不断创新和励精图治，使环境科学和工程系成为环境治理领域世界一流高层次人才成长的摇篮，成为我国可持续发展和环境决策的思想库，成为我国环境治理产业化技术的策源地。