中国农业大学生态科学与工程系是在原北京农业大学生态与环境科学系基础上成立的，源于1989年的农业生态教研室。本学科于1992年设立生态学硕士点，1996年建立生态学博士点，是我国最早获得生态学博士点的两所农业院校之一，也是国内较早专门开展农业生态学及生态工程的教学研究单位。2002年首次招收本科生，至此形成了完整的本硕博人才培养体系。本学科现有教职工27人，其中教授15人，副教授12人，是一支以中青年教师为主的高水平的教学与科研队伍，与美国、德国、荷兰、丹麦、日本等国家有着长期的实质性合作关系。学科在校内现有实验室面积约1500 平米，拥有一个“生物多样性与有机农业北京市重点实验室”，在山东桓台、河北曲周、江苏苏州、甘肃武威等地建立了长期农业生态定位实验站和教育教学实习实践基地。

生态科学与工程系目前已成为国内开设生态学课程最为系统的单位之一，开课达20多门。本学科是我国生态学科研与管理领域的重要人才培养基地，本科生以培养掌握生态学原理、生态工程与生态管理等方面的基础理论知识和专业技能的复合型人才。硕士生以培养综合能力强的生态学专业人才为目标，重点提升学生的科研、实践、设计和批判性思维能力。博士生的培养紧密结合国内需求与国际前沿研究，加强与国际一流研究团队的交流合作，培养具有创新能力和国际竞争力的生态学领域的高级研究人才。本学科毕业生的质量普遍得到用人单位和社会的认可。

经过长期建设，本学科已在农田生物多样性、分子与化学生态、资源循环利用、功能农业和有机农业等研究领域形成了优势和特色，其中农田物种间互作促磷高效利用机制、植物种间和种内的地下化学作用机制、植物与生物环境的生态互作机理以及富硒功能农业研究领域达到了国际先进水平。同时，学科教师在解决我国农业生态及社会经济发展问题，推动科学研究发展，促进科技传播和应用等方面，开展了一系列社会服务，如参与行业标准制（修）定、行业人才培训、国家战略发展建言献策、产学研合作等，在促进农业产业绿色转型升级与生态文明建设等方面产生了良好社会影响。